Notice
Évaluation de trois stratégies utilisant des marqueurs ADN pour la traçabilité des espèces d'aquaculture
Evaluation of three strategies using DNA markers for traceability in aquaculture species
Hayes B.*, Sonesson A. K., Gjerde B.
* AKVAFORSK, Institute for Aquaculture Research, P.O. 5010, 1432 Ås, Norway ; Tél : +47.6494.9542 ; Fax : +47.6494.9502 ; E-mail : ben.hayes@akvaforsk.no
Aquaculture, 2005-11-14, Vol. 250 (1-2), p. 70-81 - Texte en Anglais
Résumé
Les méthodes de traçabilité sont essentielles pour suivre les produits d’aquaculture du marché jusqu’à la ferme d’origine, dans l’éventualité de la détection d’une maladie ou d’une toxine dans le poisson vendu. Les marqueurs moléculaires de l’ADN peuvent être utilisés pour le génotypage du poisson, en échantillonnant un poisson vivant ou un sous-produit, à n’importe quelle étape de la chaîne de production. L’article présente trois processus de suivi de la traçabilité utilisant les marqueurs moléculaires dans la filière norvégienne du saumon d’élevage. Cette filière comporte trois groupes : poissons souche, géniteurs, et individus commerciaux. Les poissons souche sont les grands-parents, et les géniteurs les parents des individus commerciaux.
Les stratégies sont :
- (1) FS, l’attribution d’un poisson du marché à des familles issues de mêmes parents à partir de l’information fournie par les marqueurs génétiques ; cette approche suppose que tous les poissons commerciaux issus des mêmes géniteurs soient attribués à une seule ferme aquacole et à un nombre limité de géniteurs représentant toutes les familles issues des mêmes géniteurs de cette ferme, et qu’ils soient génotypés ;
- (2) PAR, l’attribution d’un poisson commercial à ses parents (géniteurs) ;
- (3) GRAND, l’attribution d’un poisson commercial à ses grands-parents (poissons souche).
Le nombre de marqueurs génétiques requis pour réaliser 95 % d’attribution correcte pour chaque stratégie a été déterminé par une simulation comprenant une population sauvage ayant participé à la population d’individus commerciaux. Les poissons sauvages étaient correctement attribués s’ils étaient exclus de la population en élevage dans chaque stratégie, dans les autres cas l’attribution était incorrecte.
Deux types de marqueur étaient pris en compte : marqueurs microsatellites et marqueurs du polymorphisme d’une seule base (Single Nucleotide Polymorphism, ou SNP). 75, 15, et 50 marqueurs microsatellites étaient requis pour réaliser une attribution correcte dans les 3 stratégies suivantes : FS, PAR, et GRAND respectivement. 400, 75 et 200 SNP étaient requis pour réaliser 95 % de décisions d’attribution correctes pour FS, PAR, et GRAND, respectivement.
Le coût d’un génotypage par marqueur microsatellite étant cinq fois plus élevé que celui d’un génotypage par marqueur SNP, utiliser des marqueurs SNP dans le cadre de la stratégie GRAND est l’option la plus économique. Les éléments pratiques d’équipement pour chaque stratégie sont comparés. GRAND en particulier, et PAR dans certaines filières nécessitent une logistique compliquée.
La plus pertinente et économique des stratégies de traçabilité pour une filière donnée dépend de l’organisation de cette dernière, par exemple le niveau d’enregistrement des transferts de poisson, oeufs, et larves entre ses acteurs. Même si des éléments logistiques compliqués empêchent l’adoption d’un protocole de traçabilité utilisant un marqueur par certaines filières, la traçabilité assistée par marqueurs moléculaires peut toujours être importante pour la vérification de procédés basés sur l’étiquetage.
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