Notice
Validation statistique de l’identification des espèces de thons : analyse par ré-échantillonnage (Bootstrap) des séquences d’ADN mitochondrial
Statistical validation of the identification of tuna species : Bootstrap analysis of mitochondrial DNA sequences
Terol J.*, Mascarelle R., Fernandez –Pedrosa V., Pérez-Alonso M.
* Departamento de Genetica, Universidad de Valencia, Dr Moliner 50, Burjasot E46100 Spain, and Sisternas Genomico SL, C/ Benjamin Franklin 12, CEEI, Parque Tecnologico de Valenicia, Paterna E46980, Spain
Journal of Agricultural and Food Chemistry, 2002, n° 50, p. 963-969 - Texte en Anglais
Analyse
Plusieurs méthodes d’identification des thons en conserve par analyse de l’ADN mitochondrial ont déjà été publiées et utilisées. Ces méthodes d’authentification par génétique moléculaire étaient susceptibles de donner une réponse erronée, car soit le fragment d’ADN choisi était trop court pour différencier sans ambiguïté des espèces très proches, soit le nombre de spécimens étudié était trop faible pour tenir compte des variations intra-spécifiques. Les auteurs n’ont pas remis en cause le principe de l’identification par séquençage de l’ADN mitochondrial, mais ils ont validé une technique en analysant un plus grand nombre d’échantillons et en étudiant les variations intra-spécifiques ainsi que les positions des nucléotides marqueurs d’espèce d’un fragment de 528 pb du gène de cytochrome b. Ils ont utilisés des méthodes statistiques qui permettent de regrouper les échantillons par espèce dans un arbre phylogénétique, et surtout, d’estimer quantitativement le degré de confiance d’attribution d’un échantillon dans une espèce.
Dans un premier temps, 30 échantillons de thon ont été séquencés au laboratoire : Thunnus albacares ou albacore (7 spécimens), Thunnus obesus ou patudo (13 spécimens) et Katsuwonus pelamis ou listao (10 spécimens). Les séquences obtenues ont été traitées avec celles de Thunnus thynnus thynus (thon rouge), Thunnus maccoyii (thon rouge du sud), Thunnus atlanticus (thon à nageoires noires), Thunnus tonggol (thon mignon), Thunnus alalunga (germon) et Sarda sarda (bonite à dos rayé) relevées dans la base de données GenBank. Les variations intra-spécifiques observées dans les 528 pb du gène de cytochrome b étaient peu importantes (9 variations polymorphiques pour l’albacore, 9 pour le patudo et 15 pour le listao), ce qui a permis de différencier T. albacares de T. obesus par 9 nucléotides diagnostic, et T. albacares de K. pelamis par 41 nucléotides diagnostic. L’arbre phylogénétique basé sur les distances génétiques montre le regroupement des différents échantillons analysés par espèce.
Ensuite, pour pouvoir travailler sur des échantillons en conserve, les auteurs ont utilisé un fragment plus restreint d’ADN, 171 pb . Dans cette seconde étape, 28 échantillons ont été analysés, 9 albacores, 14 patudos et 5 listaos. Aucun polymorphisme n’a été observé. Les 3 séquences obtenues ont été traitées mathématiquement avec les échantillons préalablement séquencés. L’analyse phylogénétique a permis le regroupement des échantillons en 3 groupes correspondant aux 3 espèces testées.
Ce très bon article scientifique montre clairement que pour identifier un thon en conserve, il faut séquencer un fragment d’ADN caractéristique de l’espèce et ensuite comparer, à l’aide d’un traitement mathématique de phylogénie moléculaire, la séquence obtenue à un grand nombre de séquences similaires obtenues à partir de spécimen de la même espèce et d’espèces proches. La connaissance des variations nucléotidiques intra-spécifiques (polymorphisme) et inter-espèce (nucléotides diagnostic) ainsi que l’accessibilité de ces données via les bases de données publiques constituent les garanties de la fiabilité d’un résultat de diagnose d’espèce.
Analyse réalisée par : Etienne M. / IFREMER
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