Notice

  • Bibliomer n° : 18 - Juin 2002
  • Thème : 3 - Qualité
  • Sous-thème : 3 - 6 Méthodes analytiques spécifiques produits de la mer
  • Notice n° : 2002-1832

Etude de la diversité microbienne dans le saumon fumé par une approche moléculaire - étude préliminaire

Microbial diversity in smoked salmon examined by a culture independent molecular approach - a preliminary study

Cambon-Bonavita M.A.*, Lesongeur F., Menoux S., Lebourg A., Barbier G.

* Laboratoire de Caractérisation des Microorganismes marins, DRV-VP-CMM, Ifremer centre de Brest, BP70, 29280 Plouzané ; E-mail macambon@ifremer.fr

International Journal of Food Microbiology, 2001, n° 70, p. 179-187 - Texte en Anglais


Résumé

La biodiversité de la flore microbienne de saumon fumé tranché emballé sous vide a été étudiée à l'aide d'une technique de biologie moléculaire s'affranchissant des traditionnelles étapes de culture. Des tranches de saumon fumé ont été stockées pendant 25 jours à 4°C. L'ADN total a été extrait puis une amplification par PCR a été réalisée en utilisant des amorces universelles des eubactéries, correspondant au gène codant pour l'ARNr 16S d'Echerichia coli. Les fragments amplifiés on été séparés par clonage dans E. coli puis caractérisés en utilisant la technique ARDRA (analyse des fragments de restriction de l'ADN ribosomique). 106 clones ont été étudiés et classés en 13 unités taxonomiques opérationnelles (OTU). Les séquences correspondantes de ces 13 OTU ont été comparées aux séquences disponibles dans les banques (GenBank). Elles indiquent la présence de Vibrio spp., d'Enterobacteriaceae et de clones psychrophiles marins proches d'Alteromonas macleodii, que l'on ne détecte pas avec les techniques culturales classiques. Par contre, on ne retrouve pas de bactéries à Gram positif classiquement rencontrées dans ce type de produit. Ces résultats indiquent donc un biais probable à la fois dans les techniques culturales classiques et dans les techniques moléculaires.


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