Notice
Détection des virus entériques dans les huîtres par utilisation de la polymérase chain réaction
Detection of enteric viruses in Oysters by using the polymerase chain reaction
Atmar R.L., Metcalf T.G., Neill F.H., Estes M.K.*
* Department of Medicine, Baylor College of Medicine, One Baylor Plaza, Ouston, Texas 77030
Applied and Environmental Microbiology, 1993, Vol. 59 (2), p. 631-635 - Texte en Anglais
Analyse
La plupart des maladies d'origine non bactérienne transmises par les coquillages sont dues au virus de l'hépatite A et au virus de Norwalk, qui provoque des gastro-entérites. Les coliformes fécaux ont longtemps été considérés comme les meilleurs indicateurs de pollutions fécales des eaux. Cependant, deux critiques majeures peuvent être faites quant à l'utilisation de ce critère comme indicateur des maladies virales : de nombreux échantillons d'eau et de coquillages, acceptables en coliformes fécaux, ont été trouvés positifs pour les virus entériques. De plus, les coliformes fécaux ne sont pas forcément d'origine humaine ; ils ne permettent donc pas de déterminer l'origine (humaine ou non humaine) d'une pollution fécale.
Les méthodes d'épuration des coquillages en bactéries pathogènes n'ont pas permis d'éliminer la présence des virus.
Une méthode de détection de l'acide nucléique des virus entériques présents dans les huîtres a été développée grâce à l'utilisation de la polymerase chain reaction (PCR).
Des quantités connues de poliovirus type 1 ont été implantées dans des huîtres. Le protocole d'extraction des virus (par floculation organique) et de concentration (par précipitation au polyéthylène glycol) est ensuite décrit. L'extraction de l'acide nucléique viral est optimisée : une extraction classique ne permet pas de réaliser ensuite l'amplification par PCR du fait de la présence d'inhibiteurs de la polymerase-reverse transcription. Un traitement au bromide de cétyltriméthylammonium est nécessaire pour précipiter ces inhibiteurs.
Cette technique de détection des virus par PCR a un seuil de détection de 10 PFU de poliovirus, correspondant à une contamination comprise entre 300 et 3000 particules virales. Cette technique a également été testée avec succès sur des huîtres infectées par le virus de Norwalk mais ne donne pour l'instant pas de résultat pour le virus de l'hépatite A.
Analyse réalisée par : Leroi F. / IFREMER
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