Détermination de l'origine d'un poisson par PCR-DGGE grâce au marqueur ADNr 16S de communautés bactériennes : une application sur le Pangasius du Viêt-nam
Determination of fish origin by using 16S rDNA fingerprinting of bacterial communities by PCR-DGGE: An application on Pangasius fish from Viet Nam
Le Nguyen D.D., Ngoc H.H., Dijoux D., Loiseau G., Montet D.*
* CIRAD, UMR 95 Qualisud, TA B-95/16, Montpellier, France ; Tél.: +33.467.61.57.28 ; Fax : +33.467.61.44.33 ; E-mail : didier.montet@cirad.fr
Food Control, 2008, Vol. 19 (5), p. 454-460 - Texte en Anglais
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Résumé
La détermination de l'origine géographique est une demande du système de traçabilité de l'import-export des produits alimentaires. Une des hypothèses de traçage de l'origine d'un produit repose sur l'analyse globale des communautés bactériennes d'échantillons alimentaires après leur exportation.
Les techniques moléculaires employant les profils d'ADNr-16S générés par PCR-DGGE ont été utilisés pour détecter une variation de structure de la communauté bactérienne du poisson Pangasius de la province Giang, sud Viêt-nam, récoltés dans différentes fermes aquacoles, lors de la saison des pluies et lors de la saison sèche.
Lorsque les profils étaient déterminés par une analyse multivariée, des communautés microbiennes distinctes étaient détectées. Les bandes des profils des bactéries du poisson de différentes fermes étaient différentes, spécifiques de chaque localisation. Quand les profils issus de la même localisation aux deux saisons étaient comparés, une différence de motif de bandes pour chaque saison était également observée.
Plusieurs bandes communes étaient annotées comme étant stables à travers les saisons. Ces bandes pourraient être utilisées comme marqueurs spécifiques pour certifier l'origine du poisson.
Cette méthode est un nouvel outil de traçabilité qui fournit au poisson un code barre unique et permet de remonter le poisson à sa localisation d'origine.