RT-PCR en temps réel pour la détection des norovirus dans les coquillages
Real-time RT-PCR for norovirus screening in shellfish
Loisy F., Atmar R.L., Guillon P., Le Cann P., Pommepuy M., Le Guyader F.S.*
* Laboratoire de Microbiologie, IFREMER, BP 21105, 44311, Nantes Cedex 3, France ; E-mail : sleguyad@ifremer.fr
Journal of Virological Methods, 2005, Vol. 123 (1), p. 1-7 - Texte en Anglais
à commander à : la revue ou à l'INIST
Analyse
Les coquillages répondant aux normes de mises sur le marché, peuvent être impliqués dans des épidémies de gastroentérites virales. Ces gastroentérites sont le plus souvent causées par un norovirus (famille des calicivirus, anciennement appelé virus type norwalk ou norwalk-like), difficile à mettre en évidence en raison de sa diversité génomique et de l'absence de système de multiplication in vitro.
La RT-PCR en temps réel, associant amplification et hybridation, constitue un outil intéressant pour l'analyse des coquillages. Nous avons développé une méthode de RT-PCR utilisant la chimie Taqman, basée sur une coupe d'amorces et sonde pour chacun des deux génogroupes. Après validation sur des échantillons artificiellement contaminés, cette méthode a été appliquée à des échantillons conservés depuis 1995, montrant son efficacité pour la détection des norovirus, du génogroupe II, mais un manque de sensibilité pour le génogroupe I.
Analyse réalisée par: Le Guyager S. / IFREMER