Variation génétique des microsatellites entre et à l'intérieur des populations de saumon Atlantique (Salmo salar) sauvages et d'élevage
Microsatellite genetic variation between and within farmed and wild Atlantic salmon (Salmo salar) populations
Norris A.T.*, Bradley D.G., Cunningham E.P.
* Department of Genetics, Trinity College Dublin 2, Ireland - Tél. : +353.1.6083521 - Fax : +353.1.6798558 - E.mail : anorris@tcd.ie
Aquaculture, 1999, n° 180, p. 247-264 - Texte en Anglais
Analyse
Cet article présente les résultats de l'étude génétique de 7 populations de saumon Atlantique à l'aide de 15 marqueurs microsatellites. L'objectif principal est d’étudier la diversité génétique de 3 populations d'élevage et de 4 populations sauvages, échantillonnées en Norvège et en Irlande, ainsi que de les comparer entre elles. Il est en effet important de tenir compte de la variabilité génétique et de limiter la consanguinité dans les populations d’élevage en sélection. Il s'agit de la première étude publiée comparant populations sauvages et d'élevages, basée sur des marqueurs microsatellites.
Un total de 411 poissons a été analysé, mais l'échantillonnage est assez déséquilibré : 28 à 50 individus pour les populations naturelles et 26 à 180 individus pour les populations d'élevage. On peut donc regretter que les populations d'élevage en Norvège (1er producteur mondial de saumon atlantique), ne soient représentées que par 56 individus. Par contre, le nombre de marqueurs microsatellites utilisés est assez important, ce qui rend particulièrement puissantes les analyses statistiques des résultats obtenus.
La comparaison de la variabilité génétique est abordée à l’aide de différents indicateurs. Les populations d'élevage présentent de 20 à 48 % moins d'allèles mais plus de locus présentant des excès en hétérozygotes que les populations sauvages. Les 5 classes d'âge étudiées pour la population d'élevage d'Irlande donne des valeurs très similaires.
La différenciation génétique entre populations est analysée par plusieurs méthodes qui donnent des résultats assez convergents, regroupant d'une part les populations d'élevage et d'autre part les populations sauvages. Le dendrogramme (arbre de distance génétique) de 208 individus illustre néanmoins de manière claire que certaines « grappes » regroupent poissons sauvages et d'élevage, qui sont donc génétiquement proches. La dérive génétique a donc été relativement limitée dans ces populations d'élevage. Comme attendu d'après leur origine, les populations irlandaises d'élevage apparaissent plus proches des populations norvégiennes que des populations sauvages irlandaises. D'autre part, une forte divergence génétique apparaît entre populations sauvages européenne et canadienne (la taille de cet échantillon n'est pas précisée).
Une des différences entre cette étude et d'autres précédemment publiées est que les populations sauvages et d'élevage diffèrent moins en terme d'hétérozygotie que de diversité allélique.
Analyse réalisée par : Boudry P. / IFREMER